Одной из ключевых проблем России 90-х годов была сложившаяся система власти олигархии. Неформально её называли «семибанкирщиной»: крупные бизнесмены не просто шли в политику, они претендовали на то, чтобы стать фактической властью, оставив парламент и президента в качестве декорации. Однако в ранние «нулевые» действующий лидер фактически разрушил эту систему, приведя страну к куда более рациональной системе управления с государством в качестве самостоятельной силы и внятным разграничением зон ответственности бизнеса и власти.
С другой стороны, за 90-е настоящая вольница воцарилась на уровне губернаторов. Сепаратизм времён «парада суверенитетов» был очень свеж в памяти, как и попытки играть в независимость не только на национальных окраинах, но и среди глав внутренних регионов — легко вспомнить поползновения к созданию республики из Свердловской области, на территории которой даже пытались ввести альтернативную валюту. Так что по состоянию на начало 2000-х годов страна стояла перед угрозой потери управления.
Ситуация, когда олигархи «вымывали» из даже не принадлежащих им госкорпораций сотни миллионов долларов, сегодня невообразима, а в то время была вполне рядовой.
Между тем новый президент имел некие взгляды на будущее страны и планировал играть в нём самостоятельную роль. Промежуточной стадией стала переработка статуса Совета Федерации. Прежде в СФ заседали губернаторы и главы законодательной власти, с 2002 года — просто представители регионов. Это было понижение статуса. Кроме того, в 2000 году были учреждены федеральные округа, каждый из которых объединял значительную часть страны и курировался полпредом. По смыслу они координировали работу губернаторов, будучи представителями федерального центра на местах. Первой задачей полпредов стало приведение региональных законодательств в соответствие с федеральным. Многим субъектам пришлось ощутимо корректировать местные законы, Татарстану — менять конституцию. Губернаторы поворчали, но смирились. В 2004 году им пришлось смириться и с переходом к прямому назначению из центра. После вольницы 90-х в стране осталось немало потенциально опасных пороховых бочек, но теперь отовсюду аккуратно повынимали фитили. Больше к идеям своих валют и паспортов никто не возвращался.

Сложнее были отношения с пресловутым олигархатом. Путин объявил, что бизнес-группировки должны быть «равноудалены» от политической власти. Однако олигархи не намеревались отказываться от роли в российской политике. Они привыкли к слабости центральной власти и просто не восприняли всерьёз предупреждения. Так что вскоре их ожидала встреча с законом, от соблюдения которого они отвыкли.

Буквально через несколько дней после инаугурации Путина прошли обыски в компании Владимира Гусинского «Медиа-Мост». Гусинский был уверен в том, что, располагая мощными медиаресурсами, сможет по-прежнему участвовать в политике, диктовать свою волю государству и влиять на результаты выборов.
Разгром медиаимперии Владимира Гусинского прошел под аккомпанемент митингов оппозиции.
Кстати, вопросы к олигарху к тому моменту накопились разнообразные, в том числе морального свойства. Одним из его главных активов была телекомпания НТВ. В ходе первой войны в Чечне канал работал на грани фола и периодически гнал в эфир неразбавленную пропаганду боевиков. Именно НТВ, к примеру, не отказало себе посмаковать кадры засады Хаттаба на российскую колонну под Ярышмарды, причём Хаттаб в этом репортаже величался полковником. Такому даже адекватное сравнение применительно к нашим временам подобрать трудно: разве что вообразить выступление командира батальона «Айдар» (признан террористической организацией и запрещён в РФ) прямо на федеральном ТВ.

Нюанс состоял в том, что у «Медиа-Моста» существовали неоплаченные кредиты перед «Газпромом», Сбербанком и Внешторгбанком. Причём Гусинский был настолько уверен в себе, что не собирался их возвращать. Сейчас это может прозвучать просто-таки экзотически, но на начало «нулевых» ситуация, когда крупный бизнесмен просто не возвращает большой кредит, уверенный в неспособности контрагента его взыскать, — это было скорее неприятной нормой, чем чрезвычайной ситуацией.
Поход на Гусинского начали с козырей — магната арестовали за мошенничество и посадили в Бутырскую тюрьму. Через три дня его выпустили, и тот сразу уехал за рубеж. В отношении него возбудили уголовные дела о незаконном получении кредитов.
Проблема Гусинского и его медиаимперии состояла в том, что с законом там действительно всё обстояло, мягко говоря, непросто. К тому же «Газпром» действовал методами, против которых мало кто мог что-то возразить: структуры Гусинского были в долгах, как в шелках, и, в конце концов, «Газпром» вполне легальным способом через собрание акционеров избрал председателем совета директоров телеканала НТВ Альфреда Коха, который тогда выступал на стороне Кремля.

Руководство НТВ организовало яркую эффектную кампанию в свою защиту — с серией митингов, выступлениями публичных лиц и постоянными репортажами об угрозе свободе слова. Однако действия «Газпрома» были, надо признать, логичными. Позиция «уникального журналистского коллектива» в итоге свелась к простому «они акционеры, но мы хорошие», что парировалось тезисом «мы, возможно, плохие — но это неважно, потому что это наше». В ночь на 14 апреля 2001 года произошла «силовая национализация» НТВ — представители «Газпрома» ввели собственную охрану, которая пускала в здание только по пропускам. В результате Гусинский потерял телеканал, а с НТВ уволился костяк редакции. Олигарх прекратил активное участие в политике. Позднее он вёл бизнес в разных странах, но уже не пытался заниматься борьбой за власть.

Прямо в процессе истории с НТВ Гусинского под удар попал также Борис Березовский. «Берёза» был редкостным негодяем и в принципе заслужил верёвку уже за личное спонсирование Шамиля Басаева (передача террористу денег Березовским — факт, подтверждённый с самых разных сторон), не считая экономических махинаций, хищения государственных средств и подобных подвигов. Борьба за ОРТ не была ни долгой, ни бурной. 51% акций телеканала принадлежал государству, и работники просто прекратили выполнять указания Березовского по отмашке сверху. В итоге БАБ продал свой пакет акций ОРТ (а также компаний «Сибнефть» и «РУСАЛ») Роману Абрамовичу, который спокойно принял новые правила игры в стране и смог из олигарха стать нормальным бизнесменом.
Борис Березовский хотел слыть "серым кардиналом Кремля" и не брезговал никакими методами и никакими контактами ради обретения власти.
Выехав за рубеж, он решил не возвращаться и поселился в Англии. Однако российская Фемида имела к Березовскому много вопросов, мало того, обвинения сыпались ещё и со стороны других стран. Он занимался откровенно неудачными попытками восстановить своё реноме, выдвигая к российским властям обвинения одно абсурднее другого. Гораздо сложнее было убедить судей.

Березовский стал фигурантом расследований в Бразилии, кроме того, с треском проиграл суд в Лондоне против Абрамовича из-за акций «Сибнефти» и «РУСАЛа». Характерна реплика судьи Элизабет Глостер:

«Проанализировав все материалы дела, я пришла к выводу, что господин Березовский является ненадёжным свидетелем, считающим истину гибкой и переменчивой концепцией, которую можно менять в зависимости от своих сиюминутных целей. Порой его показания были намеренно лживыми; порой он явно сочинял свои показания по ходу процесса, когда ему было трудно ответить на тот или иной вопрос. Порой у меня создавалось впечатление, что он не обязательно намеренно лгал, а скорее сам заставил себя поверить в представленную им версию событий».
Погрязший в судебных процессах и долгах бывший полудержавный властелин удавился в душе дома в небольшом городке в 40 км от Лондона в марте 2013 года.
Сокрушение медиаимперий Березовского и Гусинского постфактум производит почти трагикомическое впечатление. Оба магната эпохи дикого капитализма уделяли настолько мало внимания хоть какому-то законному прикрытию своей деятельности, что простое заявление государства о своих правах сдуло их могущество, как песчаные замки.

Наконец, апогеем «равноудаления олигархов» стал суд над Михаилом Ходорковским (признан иноагентом в РФ).

Российское правительство не жалело усилий, чтобы консолидировать в своих руках природные ресурсы страны. В эпоху «дикой приватизации» государственные активы огромной важности передавались частным лицам по бросовым ценам. Главным активом Ходорковского была нефтяная компания «ЮКОС», а сам её владелец был богатейшим человеком России. Его категорически не устраивала роль просто бизнесмена, не участвующего в политике.
Ходорковский приобрёл ЮКОС по крайне заниженной цене в 1995 году. К началу «нулевых» он не просто распоряжался одним из нефтяных гигантов страны, но и имел политические амбиции. У него не было своего телеканала, однако он спонсировал широкую сеть НКО, активно выступал перед публикой и однозначно владел симпатиями либеральной интеллигенции. Его интересы неизбежно сталкивались и с государственными. Перераспределение налогового бремени и появление невиданного раньше НДПИ наносило ему серьёзный удар. Ходорковский активно «инвестировал» в российских политиков, включая депутатов Думы. Причём магнат не складывал яйца в одну корзину и «скупал» депутатов самых разных фракций: от либерального «Яблока» до КПРФ. Кроме того, Ходорковский грезил о вступлении уже не в российскую, а мировую финансовую элиту — для этого он собирался объединить ЮКОС с «Сибнефтью», а затем продать объединённую компанию какой-либо транснациональной корпорации и стать её совладельцем. Всё это сделало бы Ходорковского одним из самых могущественных людей планеты, но ставило главный актив нашей страны под внешнее управление. Сама Россия при таком раскладе превращалась в частный феод, колонию даже не иностранной державы, а коммерческой компании. Интересно, что в апологетической биографии Ходорковского это обстоятельство не просто признаётся, автор в превосходных тонах описывает план:

«Казалось, ещё немного, и страна изменится. Казалось, усилия Ходорковского в бизнесе, политике и образовании вот-вот сложатся воедино. Он, Ходорковский, станет первым, кто создал большую и прозрачную компанию, неподконтрольную государству, а подконтрольную только международному праву».

Трудно сказать, насколько этот пассаж представляет собой личное творчество автора, но фактически текст, призванный сделать из биографии Ходорковского житие святого, приписывает ему превращение ЮКОСа в государство внутри государства — превращение крупнейшей российской компании в личное независимое княжество хозяина.
Михаил Ходорковский рвался к власти в стране и действительно планировал сделать Россию колонией собственной нефтяной империи.
С точки зрения закона империя Ходорковского была очень уязвимой. ЮКОС активно занимался уклонением от налогов. Кроме того, его руководство было причастно ко многим куда более мрачным вещам — в частности, впоследствии высокопоставленный сотрудник компании Ходорковского был признан виновным в убийстве мэра Нефтеюганска Владимира Петухова, у которого был конфликт с ЮКОСом.

Фактически, с точки зрения Кремля, Ходорковский намеревался превратить нефтяную компанию в мегакорпорацию, которая в своих интересах поставит государство под собственный контроль. Мы располагаем на эту тему только данными открытых источников, но однозначно можно утверждать, что Путин воспринимал эту угрозу серьёзно, а амбиции по приобретению власти у олигарха были.

За пределами Думы Ходорковский опирался (точнее, думал, что может опереться) на премьер-министра Касьянова и главу президентской администрации Волошина. Угрозу со стороны президента он воспринимал как незначительную и в целом считал Путина если не единомышленником, то слабым политиком, с которым легко может справиться.
Между тем в 2003 году негоции ЮКОСа подверглись ревизии налоговиков. Компания Ходорковского была признана повинной в неуплате огромных сумм.
20 декабря 2013 года отбывший 10 лет в заключении Ходорковский был помилован и эмигрировал в Германию. Несмотря на данное им обещание не заниматься политикой, он вскоре превратился в «кошелёк» оппозиции.
2 июля 2003 года был задержан один из ближайших соратников Ходорковского Платон Лебедев. 25 октября он сам был задержан в аэропорту Новосибирска. Ключевые обвинения были теми же: уклонение от налогов, мошенничество, подделка документов и т. д., и т. п. Интересно, что этот арест оказался полной неожиданностью для высокопоставленных политиков ельцинского клана. Александр Волошин подал в отставку вскоре после ареста Ходорковского.

В 2005 году олигарху было назначено наказание — в окончательной редакции восемь лет лишения свободы. Позднее, по второму процессу, ему назначили новое наказание. Он вышел из тюрьмы в 2014 году, сохранив часть состояния, но уже не имея возможности серьёзно влиять на политику внутри России. ЮКОС был окончательно ликвидирован в 2007 году.

Арест Ходорковского знаменовал полный разгром старой олигархии. С этого момента можно говорить о пересборке Российской Федерации на новых началах.

«