Новый этап войны начался весной 2000 года. Главным тактическим приемом боевиков на этом этапе стали нападения на колонны из засад и минная война. Несколько колонн армии и МВД понесли тяжелые потери, а то и оказались полностью разгромлены в течение ближайших месяцев. Войска удерживали контроль над городами и крупными селами, но в труднодоступных поселках и деревнях долго правили бал боевики. Террористы старались легализоваться и вести днем нормальный образ жизни, а ночью – переходить к налетам и засадам. Отряды диверсантов действовали даже в руинах Грозного.
Российские военные, в свою очередь, старались уничтожать группировки боевиков рейдами в лесах и горах, а также проводили зачистки в населенных пунктах. Эта война приобрела крайне жестокий характер еще в самом начале, но теперь она, так сказать, брала новые глубины. Боевики практически никогда не щадили пленных, причем убивали зверски – зачастую намеренно мучительными способами. Население они рассматривали как ресурс, и в случае чего щадили не более, чем солдат – при подрывах самодельных бомб гражданские гибли постоянно. Кроме того, в республике орудовали обычные бандиты, лишенные всякой идеологии и уничтожавшиеся войсками до кучи – так, известен минимум один случай, когда банда вымогателей и разбойников совершала преступления под видом ОМОН, при этом она была до зубов вооружена и имела армейское снаряжение. При ее разгроме погибли и получили ранения несколько настоящих солдат комендатуры.
С другой стороны, и Москву упрекали в том, что она зачастую исходила из того, что все они одним миром мазаны, и зачистки иногда велись крайне жестко, с тяжелыми жертвами, причиненными гражданским по ошибке, а то и из-за морального разложения отдельных солдат и офицеров. На все это накладывались проблемы коррупции, причем неустойчивость некоторых силовиков к денежной стимуляции имела очень разные последствия. Так, алчность некоторых работников изоляторов вела к тому, что, с одной стороны, на свободе оказывались настоящие боевики, с другой – обычные гражданские вынуждены были платить выкуп, а с третьей – при задержании террористов военные в поле предпочитали просто расстрелять пленных, чем беречь их для суда: иначе, как они опасались, придется ловить их по второму разу.
Кроме того, сложными были отношения внутри чеченского общества. Террористы безжалостно убивали «предателей» и членов их семей. Перешедшие на сторону России боевики не меняли характер со сменой флага, так что «наиболее отпетых гуронов», по выражению одного из военных, приходилось вычищать уже из российских силовых структур. Негласно практиковалась точечная ликвидация людей, уличенных в связях с бандитами. Причем помимо обычной ситуации, когда военные приезжали и уничтожали боевика «на адресе», бывали ситуации, когда кто-то становился жертвой оговора, кто-то – «набега под чужим флагом», когда рейд устраивали боевики или просто бандиты в рамках собственных разборок, а то и роковой случайности. Вдобавок российские силовые ведомства плохо обменивались информацией, опасаясь утечек, что влекло самые разные недоразумения, включая перестрелки между своими с человеческими жертвами.
Однако, несмотря на все эти проблемы, из кровавого хаоса медленно проступали контуры российской победы. В России плохо понимали динамику происходящего. Репортажи о постоянных засадах, обстрелах и подрывах навевали тоску, а выражение «уничтожена правая рука Басаева» стало репортажным клише и вызывало вал кислых шуток в стиле «за последний месяц уничтожена уже четвертая правая рука Басаева». В действительности за деревьями легко было не заметить лес: партизанскую войну отряды боевиков проигрывали точно так же, как до того «полурегулярную». Пресловутая массовая потеря правых рук в реальности означала выбивание командиров среднего звена. Большие отряды дробились, мелкие – уничтожались.